L’organismo non è un ambiente sterile: sia sulla sua superficie sia al suo interno è presente una grande varietà di microbi con cui convive pacificamente e che contribuiscono a determinare il suo stato di salute.
L’insieme di questi microbi (batteri, funghi, protozoi e virus) prende il nome di microbiota e comprende 100 trilioni (miliardi di miliardi) di batteri.
L’insieme del genoma di tutti questi microrganismi è invece detto microbioma. Il microbiota umano vive in diversi distretti corporei:nel cavo orale, nello stomaco, nell’intestino tenue e nel colon; nell’orecchio; nel naso e nel polmone; nelle vie urinarie; nella vagina; e anche sulla pelle.Il microbiota agisce come uno scudo contro i patogeni che potrebbero invadere pelle, cavo orale, tubo digerente e vagina. La sua robustezza influenza lo stato di salute, e si tratta di un elemento fondamentale per lo sviluppo del sistema immunitario e di immunotolleranza. Nel caso delle donne entra in gioco anche il microbiota vaginale. Il primo passaggio della patogenesi delle infezioni delle vie urinarie è infatti la colonizzazione dell’introito vaginale e della zona circostante l’uretra, che è poi seguita dalla risalita del patogeno attraverso l’uretra fino alla vescica e, a volte, nei reni. La perdita di specie di lattobacilli dotati di funzioni protettive aumenta sia il rischio di infezioni delle vie urinarie sia quello di vaginosi batteriche e infezioni da patogeni, ma soprattutto può instaurare danni ed infezioni a livello endometriale riducendo la recettività dello stesso.